Dekretem z dnia 20 lutego 1982 roku Ks. Kardynał Macharski, metropolita krakowski, erygował parafię w Będkowicach. Została do niej włączona miejscowość Będkowice i przysiółek Łączki należący do Kobylan. Pierwszym proboszczem tej parafii został ks. Stanisław Uryga. Duchowny ten był inicjatorem wielu pielgrzymek do miejsc świętych, systematycznie organizował rekolekcje. Dzięki pomocy parafian prowadził intensywne prace przy upiększaniu kościoła.
W roku 1985 probostwo objął ks. Tadeusz Kęsek. Będkowianie ufundowali dwa witraże: Rafała Kalinowskiego i Maksymiliana Kolbe. Projektantem jest artysta malarz M. Kanczyński. Proboszcz ks. Kęsek zorganizował szereg pielgrzymek, m.in. do grobu ks. Popiełuszki.
W roku 1988 parafię przejął na siedem lat administrator ks. Franciszek Pacana. W tym czasie parafianie ufundowali ławki do kościoła, organy i „zacheuszki”, kinkiety oraz ozdobny żyrandol w kościele. Po nim proboszczem był ks. Jan Adamus, a następnie rektorem został ks. Bronisław Niemiec. Za jego czasów został zmieniony dach na plebanii. W roku 1998 proboszczem na sześć lat został ks. mgr Zbigniew Ochała. W tym czasie przeprowadzono remont kościelnego dachu i uporządkowano cmentarz. Przed wejściem do kościoła położono kostkę.
W dniu 26 czerwca 2004 roku proboszczem w Będkowicach został ks. mgr Miłosz Biela, który pełnił tę posługę do 30.06.2010 roku. Podczas pełnienia przez niego funkcji proboszcza, dokonano gruntownego remontu świątyni. W latach 2004 – 2005 ściany kościoła wewnątrz zostały pokryte siatką zabezpieczającą tynk przed pęknięciami, a następnie pomalowane. Wymieniono oświetlenie w głównym ołtarzu na profesjonalne – halogenowe. Uruchomiono ambonę do głoszenia Słowa Bożego, dokonano remontu dachu kościoła oraz przywrócono dla bezpieczeństwa funkcjonowanie piorunochronu na dachu kościoła. Dokonano wymiany tablicy rozdzielczej prądu oraz wymieniono całkowicie instalację elektryczną w kościele.
Ogrodzono na trwałe działkę, na której stoi kościół i posadzono tu trzydzieści tui. Dzięki ofiarności i pomocy parafian ogrodzono całkowicie parcelę plebańską. Dokonano również odwodnienia plebanii i wyremontowano wszystkie znajdujące się w niej pomieszczenia. Uporządkowano otoczenie wokół plebanii i oddano do użytku salkę „Zakątek”.
W roku 2005 stanęła dzwonnica, na której został zawieszony 500 – kilogramowy dzwon z elektrycznym napędem. Zostały także ufundowane do kościoła i poddane renowacji dziewiętnastowieczne świeczniki. W roku 2006 założono nowe żarnikowo – elektryczne ogrzewanie w kościele.
