Nieoceniony wkład w odnawianie tego pięknego kościoła miała krakowska malarka Ewa Marta Zając. Dzięki jej pracy i talentowi poddany został renowacji obraz Serca Pana Jezusa namalowany w 1935 roku przez Stanisława Ciężatlika. Odnowione zostały stacje Drogi Krzyżowej oraz figury w ambonie. W głównym ołtarzu artystka odnowiła i zakonserwowała figurę Matki Jezusa Królowej – głównej patronki parafii. Podarowała również obraz przez siebie namalowany, a przedstawiający św. Ojca Pio z Pietrelciny.
W głównym wejściu założono kratę, która pozwala na otwarcie kościoła cały dzień i daje możliwość wiernym w każdej chwili pomodlić się przed Najświętszym Sakramentem. Wewnątrz kościoła odkryto fragment kamiennego muru. Na przełomie sierpnia i września 2008 roku parafia wykonała odwodnienie i chodnik wokół kościoła parafialnego oraz trwały wjazd na plebanię.
W dniu 01 lipca 2010 roku proboszczem w Będkowicach został ks. mgr Zdzisław Targosz, który pełnił tę posługę do 30.06.2018 roku. Podczas jego pobytu wykonano witraż świętego Jana Pawła II – nad wejściem do kościoła. Parafianie zorganizowali i sponsorowali tablicę do wyświetlania tekstów liturgicznych. Ofiarna postawa parafian pomogła w ociepleniu plebanii, wykonaniu asfaltowego dojazdu do plebanii, wykonaniu nowego nagłośnienia, jak wielu innych drobniejszych dziełach, które wykonano.
Od 1 lipca 2018 roku . Ks. Zdzisław Targosz został mianowany proboszczem w parafii w Ponikwi k. Wadowic, a proboszczem parafii w Będkowicach został Ks. Robert Kumela, który przybył z Podstolic.
Podczas jego dwuletniego pobytu w parafii w sierpniu 2018 roku dokonano wymiany modułu sterującego dzwonem, Rada Parafialna na cmentarzu wykonała alejkę betonową oraz ogrodzenie. W październiku 2018 roku Ks. Proboszcz zorganizował pielgrzymkę do sanktuarium św. Jacka w Kamieniu Śląskim i do sanktuarium Matki Bożej Piekarskiej.
Na Wielkanoc 2019 roku strażacy z OSP Będkowice, obchodzący 95-lecie swojego istnienia ufundowali świece na główny ołtarz kościoła. W maju tego roku parafianie udali się na pielgrzymkę do Kalisza, Rokitna, Lichenia i innych sanktuariów w Wielkopolsce.
W październiku 2019 roku grupa parafian z Ks. Proboszczem udała się z pielgrzymką do Fatimy. Z ofiar pielgrzymów oraz Róży Różańcowej i parafian zakupiono figurkę Matki Bożej Fatimskiej, feretron, na którym ją umieszczono i postument. Została ona uroczyście wprowadzona do kościoła 7 czerwca 2020 roku.
Z dniem 30 czerwca 2020 roku Ks. Robert Kumela został zamianowany proboszczem parafii Kraków Kosocice, a proboszczem parafii Będkowice został mianowany Ks. Stefan Trojan, proboszcz sąsiedniej parafii w Bęble-Czajowicach z zachowaniem funkcji proboszcza tejże parafii. Taki stan trwał aż do końca sierpnia tegoż roku.
Z dniem 23 sierpnia 2020 roku proboszczem parafii został Ks. Andrzej Grodecki, z zachowaniem obowiązków, jakie pełni w Sądzie Metropolitalnym w Krakowie.
Opracowano na podstawie „Kroniki Parafialnej”, i ogłoszeń duszpasterskich.